4 collégiens du nom de Ulrich, Odd, Yumi, Jérémie ont  découvert un monde parallèle au notre il s’appelle Lyoko commandé par par Xana l'ordinateur principal et créé par Frankz Hooper génie informatique qui a disparue depuis 14 ans. Ce monde virtuel est composé de 5 territoires :  
1- la foret  
2-le désert  
3- la banquise  
4-la montagne  
5- Le noyau 
 
Dans ce monde, il existe une humanoïde nommée Aelita, c'est elle qui doit désactiver les tours que Xana active mais pour cela Odd, Ulrich et Yumi sont obligé d'aller dans Lyoko pour l'aidé contre les monstres que Xana envoie. Pour allez sur se monde virtuel il faut aller dans l’usine. Il y a un étage supérieur et inférieur Jérémie doit monter en haut écrire des coordonner. Ces coordonner servent a aller a un des 5 territoires  sur Lyoko et un endroit précis du territoire. Seul Jérémie peut virtualiser Ulrich, Odd, Yumi car c'est un surdoué et c'est le seul a comprendre ce qu il faut faire pour les virtualiser. Quand Jérémie est au premier étage Ulrich, Odd, Yumi descende a l'étage inférieur. Il vont dans des scanners et après attendent que Jérémie l’est envoyer sur Lyoko.